所谓汉族的主要基因，即与汉族的匹配度较好，在汉族中最集中。
从Y染色体看，最具汉族（当代汉族）特色的单倍群如下：
1、O2a1-L127。该支系年龄（共祖时间）1.6万年左右，主要包括F1876、002611两大支。目前看，无论F1876还是002611，分布区域都集中在华北和华东，个别分支集中于湖南及周边。可能（至少其中若干支系）与古代东夷人有关。
2、O2a2b1-M134*。此处主要指的是F444，该支系年龄1.4万年左右，其下游的支系F46的年龄只有8000年左右，且在汉族男性中占了11%，在江苏山东等省可达15%，无愧为超级祖先。该支系在汉族以外分布较少，且集中于华北华东，推测早期扩散地点就是黄河中下游。
3、O2a2b1a2-M117。此处主要指的是年龄7000年左右的F5，该支系在汉族中占15%左右，而且可能是原始汉藏成分、汉语族的奠基者。但是与汉族的匹配度却不及前二支，原因在于，该支系的下游分支CTS1642在藏缅语族人群（藏族、彝族、纳西族、缅族等）极为高频，在缅甸的缅族中可达40%左右。如此看，缅甸倒成了M117的代表国家。不过，由于藏缅语族主要是CST1642这个支系，其他几个主干分支与汉族的匹配度依然比较好，所以仍是汉族代表单倍群之一。另：广东的20%+的M117以Y7080、CTS5063、F2188三个晚近的蔟为主，目前看前两个支系不像是历史时期的北方移民，可能来自广西和湖北。
4、O1b1*-F2320*。此处主要指的是Page59这个支系。该支系又以F1759占大头。F1759集中于华北华东等地，总体上与汉族匹配度很好，应该是汉族早期来源之一。
5、C2c-F1067。即俗称的C2南支。该支系绝大多数都是C2c1-F2613这个1.1万年的支系，极少数为C2c2（集中于两广）。F2613下面又分3个主要分支：CTS2657、 F1319、F845，三个支系偏北程度为CTS2657>F1319>F845。其中，F1319可能是殷商所属的支系。F2613与汉族的匹配度较好，但在东南亚、西南少数民族、东北一些民族也高频，其中有的分支如CTS2657可能来自历史时期的北方民族。
6、Q-M120。该支系预计年龄不超过1万年，在汉族中占2.3%左右，北方大约3%，南方大约1.8%。该支系虽然北方偏多但南方亦达北方的60%水平，推测早期分布在宁夏、河套地区等长城沿线，但在2000年前已经绝大多数融入汉族里了。
7、N1-M2183。该支系年龄1.8万年左右，分为N1a和N1b两大支。N1b与汉族匹配度较高，在汉族中占4%左右，但亚洲东部其他民族也有不少，例如泰国北部也有7%左右，彝族中也很多。N1a下面又有很多支系，其中北亚和东北欧主要是M178、P43等支，汉族则主要是M128、F4063等支。
8、O2a2*-P201*。此处主要包含了M188（除M7）和AM01822两支。AM01822总体上集中于华北和华东，与汉族匹配度较好。南岛人（如菲律宾人）虽然也有很多AM01822，主要是下游的个别分支，一般认为南岛人是7000年前从中国东南部下海的。M188( 除M7）是个近2万年高龄的支系，有些下游分支与汉族匹配度较好，有些不是。
9、其他支系。O1a-M119仅与南方汉族匹配度较好，目前看其几乎所有分支都集中于南方。PK4可能起源于湘赣一带，但目前是壮侗语系、南亚语系人群的主流支系。C1a1-M8和D1b都是日本特有类型，其中D1b在阿依努人中占70%以上，该支系与西藏的D1a分开近5万年了。O1b2-P49是朝鲜半岛特色单倍群。O2a2a1a2-M7集中于苗瑶语系人群。R、J等几乎都是历史时期的西域来客。
最后补一张O单倍群在全球的分布（注意：O的年龄有3.1万年之久，O2（旧名O3）也有2.9万年，都只能代表亚洲东部主要父系类型。而汉族从汉朝开始算只有2000多年，因此无法与3万年的支系挂钩。）
