余姓主要源于姒姓和隗（音“伟”）姓。姒姓余氏源于夏禹之后分封的由余国。隗姓余氏源自春秋前生活在河西、太行山一带的赤狄部，春秋时建立余国，后有一部分并入晋国，其中一支氏族因居夏禹后裔，由余国旧地，称留吁（“由余”的近音异译）氏族，在山西长治一代。 春秋时秦国大臣由余可能就出自以上两种来源，他的后裔以其名为氏，有由余、由、余三姓。 余姓有外族融入的历史较早，山西长治的余姓或已融入狄族。南北朝时，江西溪族（武陵蛮的一个分支）有余姓。元朝时，进入中原的西域人也有余姓，在庐州（约今天安徽合肥）形成大族，成为今天安徽余氏的来源之一。